科研進(jìn)展 - 福建農(nóng)科院與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院在白肉靈芝全基因組研究上取得新進(jìn)展

近日，福建農(nóng)科院食用菌研究所陳體強(qiáng)研究員團(tuán)隊(duì)與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所何煥清研究員團(tuán)隊(duì)合作完成白肉靈芝Ganoderma leucocontextum strain H4的全基因組測(cè)序、組裝與注釋分析。該項(xiàng)目從雙核菌絲體提取總DNA，采用Nanopore三代測(cè)序，組裝得到的基因組由66條無gap的Scaffold構(gòu)成，序列總長54.027Mb；用于組裝糾正的二代測(cè)序數(shù)據(jù)（5,800Mb，Illumina Hiseq）覆蓋率達(dá)98.98%，BUSCO評(píng)估基因組完整性 BUSCOs (C) 比例達(dá)97.62%；該基因組編碼16,257個(gè)基因，目前獲得功能注釋的基因總數(shù)達(dá)14,189（總注釋率87.28%）。已知白肉靈芝原產(chǎn)于中國西南川藏高原地區(qū)的重要靈芝種類，2014年作為靈芝復(fù)合種（G. lucidum complex）的一個(gè)新成員發(fā)表在MYCOSCIENCE上。2017年，廣東農(nóng)科院蔬菜所開始在西藏林芝地區(qū)的白肉靈芝基地進(jìn)行段木種植與代料袋栽試驗(yàn)，選育得到H4等栽培菌株。2021年11月，廣東省微生物研究所發(fā)表在G3（Gene |Genome |Genetics|）上的白肉靈芝單核化菌株DH-8的單倍體基因組，序列總長為50.05Mb由58條Scaffolds構(gòu)成，預(yù)測(cè)到13,390個(gè)基因，BUSCOs完整率為96.55%。NCBI數(shù)據(jù)庫顯示該基因組大小為49.523Mb（GenBank: GCA_020736865.1），相當(dāng)于本研究完成的白肉靈芝基因組的單倍體長度49.2Mb（Genome Scope評(píng)估）。目前，兩院合作研究取得的進(jìn)展除獲得高質(zhì)量白肉靈芝基因組外，還將前期完成的紫芝S2基因組的注釋率從78.89%提高到91.41%，為后續(xù)開展中國栽培靈芝的比較基因組學(xué)分析，及紫芝與白肉靈芝特有基因家族的挖掘與利用奠定基礎(chǔ)。

來源|福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院